Hai năm sau kết thúc của phần 1 (The Bourne Identity), Bourne (Matt Damon) và Marie (Franta Potente) đang sống ở Goa, Ấn Độ. Trong những giấc mơ, Bourne luôn bị ám ảnh bởi một nhiệm vụ ám sát tại Berlin. Tại Đức, một số nhân viên CIA dưới sự chỉ đạo của phó giám đốc Pamela Landy đang thực hiện giao dịch mua lại “hồ sơ Neski” với giá 3 triệu $. Nội dung của “hồ sơ Neski” là về một vụ cướp 20 triệu $ của CIA bảy năm trước. Khi giao dịch đang diễn ra, Kirill (Karl Urban) bất chợt xuất hiện, dàn dựng hiện trường với dấu tay của Bourne, giết chết hai nhân viên CIA, cướp đi hồ sơ và 3 triệu $.

Kirill sau đó chuyển số tiền và hồ sơ đến cho trùm dầu lửa Nga Yuri Gretkov (Karel Roden). Được lệnh từ Gretkov, Kirill lên đường đến Goa để giết Bourne. Phát hiện Kirill trong đám đông, Bourne cùng Marie lái xe chạy trốn. Kirill cố gắng truy sát họ bằng súng bắn tỉa nhưng viên đạn từ khẩu súng giết chết Marie thay vì Bourne (Bourne và Marie đã đổi chỗ khi lái xe). Chiếc xe của họ lao vào thành cầu và rơi xuống sông, Kirill tin rằng Bourne đã chết nên bỏ đi. Bourne sống sót sau tai nạn. Chứng kiến cảnh người yêu chết thảm, anh thu xếp hành lý, tiền bạc, hộ chiếu rồi lên đường tới Naples, Italy để bắt đầu kế hoạch trả thù của mình.

Pamela Landy sau khi phát hiện dấu tay tại hiện trường vụ cướp “hồ sơ Neski” là của Bourne đã yêu cầu phó giám đốc Abbott (Brian Cox) cho mở hồ sơ Treadstone. Landy sau đó đã tiết lộ với Abbott rằng: bảy năm trước, số tiền 20 triệu $ của CIA đã bị chính một điệp viên CIA đánh cướp và tên của kẻ phản bội này có trong “hồ sơ Neski”. Vài năm trước, Valdimir Neski (một chính trị gia người Nga) đã biết được danh tính của kẻ phản bội nhưng khi chưa kịp tiết lộ thì Neski đã bị chính vợ mình giết hại tại một khách sạn ở Berlin. Landy tin rằng Bourne và Conklin có liên quan đến vụ việc và chính Bourne đã thực hiện vụ cướp “hồ sơ Neski” để bịt đầu mối. Cả Landy và Abbott được cử đi Berlin để truy tìm Bourne.

 Trailer